印尼泗水的郑和清真寺，是印尼哈夷郑和基金会于二00二年出资修建的，这个基金会成立于一九九六年，资金都是华裔捐款。二00三年五月落成揭幕时，由现任中国驻印尼大使卢树民题写寺名，据说这是全印尼唯一的一所具有中国特色的清真寺，也是世界上第一个以郑和名字命名的清真寺。
郑和清真寺采用中国和印尼相结合的建筑风格，既有中国古代建筑的风格，又吸收了基督教和佛教的一些典型图案，体现了多元宗教相互交流和共同发展的信念，也体现印尼原住民穆斯林与华裔穆斯林的深情厚谊，象征着中国和印尼两国人民的长期友好。
当记者问及为何以“郑和”命名清真寺时，印尼日惹华文联谊会会长邓国光回答说，印尼全国约有百分之九十的人信仰伊斯兰教，这是郑和在印尼传播伊斯兰教的功劳。邓国光曾把印尼华文媒体《千岛日报》刊登的郑和在印尼传播伊斯兰教的长篇报道翻译成印尼文，他告诉记者，作为一名虔诚的穆斯林，郑和在七下西洋期间不忘传播伊斯兰教。在印尼的三宝垄、三宝庙，据传原是当年郑和所建的一座清真寺。他到三宝垄时所住过的石洞，是当年传播伊斯兰教的一个中心。
印尼不少学者介绍说，当年郑和船队在沿印尼中爪哇北岸航行期间，副手王景弘突然患重病，郑和便下令船队在塞蒙安河河口登陆，为王景弘治疗，十天后郑和率船队继续西航，留下已逐渐痊愈的王景弘和十名随员。王景弘并未追郑和船队，而是教当地居民和华侨耕种，并向他们传布伊斯兰教。
印尼著名伊斯兰教学者哈姆加指出：“印尼和马来亚伊斯兰教的发展，是与一名穆斯林有着密切关系。这位穆斯林就是郑和将军。”新加坡学者李烔才在其《印度尼西亚：神话与现实》一书中称，十五世纪上半叶爪哇岛的一些地区，如雅加达的安卓尔、井里汶、杜板、锦石、惹班等地兴建清真寺；巨港出现华人伊斯兰教区等等，都与郑和在当地积极传播伊斯兰教密不可分。台湾学者龙村倪认为，郑和以少数民族回族的身份在中华文化与伊斯兰文化相互的直接交流上，其贡献可以说是空前的，也可能是绝后的。
一九九三年八月二十三日，印尼的河里夫希达雅杜拉伊斯兰教学院在首都雅加达举行了哈只穆罕默德•郑和国际学术讨论会，由印尼宗教部长主持，二百名专家中有印尼历史学家、宗教学家、印尼驻中国大使代表等参加。
近年来，印尼不少华人伊斯兰教徒着重从伊斯兰教角度来宣传和赞美郑和，有的明确提出要把郑和作为印尼华人学习的榜样，有的撰文要“成群结队地沿着郑和开辟的道路迈进”，还有华人伊斯兰教徒发表文章：“郑和往夷城，鲸舟巨浪；经沧溟，远涉洪涛，在航海史上写下了光辉灿烂的篇章。”
