正院

第二个院落是正院，是马步芳居住和工作的地方，这里是当年青海省的政治、军事中心，这个院子里有马步芳居室，他儿子马继援居室；马继援夫人张训芬居住的小楼；另外还有副官、参谋楼及北会议厅和南接待厅。

“馨庐”

正院正中，立着一块大理石，上面是当年的国民政府主席林森题写的“馨庐”二字，“馨庐”取意是按唐代诗人刘禹锡《陋室铭》中的词句“惟吾德馨”中的“馨”，“馨”字下是香，暗合马家父子的名号“子香、少香”，“庐”取《陋室铭》中“诸葛武侯庐”的“庐”。

正院南北房和东北角小楼均为客房。南面是展销玉石的玉石宫，门前摆放着一把太师椅，是用上百年的老树根雕成的，寓意根成百年，添寿添福，时常有人到上面坐一坐。

女眷楼
 

第三个院子是女眷楼，又叫南楼小院，它是女性宾客和部分女佣人住宿的地方，位于公馆建筑群的西南角，南可通花园，北与伙房、侍从院相连，是古典回廊木结构的中式二层楼四合院，一楼是女佣住的，二楼是女宾住的，这个楼当年绝对禁止男人入内。

2004年政府修建的时候，将这个院落辟为青海省民俗博物馆。在这里游客可以通过汉族、藏族、蒙古族、撒拉族、回族、土族等在青海居住的民族服饰冠履、饮食起居、民间工艺和社会习俗等方面的展品和场景陈列，了解青海的地域特色和风土人情。