1994年5月改组内阁后兼任总理。 

     1995年7月在阿拉伯复兴社会党第11届代表大会上再次当选总书记，但他拒绝了大会提出的任该党终生总书记的动议。

     1995年10月15日伊拉克全民公决揭晓，萨达姆连任总统，任期7年，10月17日宣誓就职。
     1996年2月20日—下令杀死1995年叛逃约旦后在收到安全保证后返回伊拉克的两个女婿。
     1998年12月16日—武器核查人员撤离伊拉克。数小时后，美英对伊发动了四天的空袭和导弹攻击，作为对伊拉克不合作的惩罚措施。

     2001年5月再次当选为阿拉伯复兴社会党地区领导机构总书记。

     2002年10月15日，伊拉克第二次全民公决，在没有任何竞争对手的情况下，萨达姆以100％得票率连任总统，任期7年。 

     2002年11月8日—联合国安理会决议案威胁称，如果萨达姆不解除武装，他将面临“严重后果。”

     2002年11月27日—允许联合国专家自1998年后首次在伊境内开展核查工作。

     2002年12月7日—向联合国提交报告，否认伊拉克拥有大规模杀伤性武器。美国随后说伊拉克的报告不真实，联合国称报告不全面。

     2002年12月7日，萨达姆为入侵科威特道歉，但却仍然指责科威特领导层。科威特拒绝接受他的道歉。 

     2003年2月2日，萨达姆在接受媒体采访时否认伊拉克有违禁武器，否认与“基地”组织有任何关系。这也是十多年来他首次接受采访。

      2003年3月1日—阿拉伯联合酋长国成为第一个公共建议萨达姆下台的阿拉伯国家。

     同年3月20日，美国发动伊拉克战争，对巴格达实施空袭，目标是伊拉克的“最高领导层”。但萨达姆之后在电视上露面，督促伊拉克人保卫国家。

     同年4月9日，美军占领巴格达市中心，萨达姆对伊拉克24年的统治宣告结束。

     同年12月14日，美国官方宣布抓获萨达姆。

     2005年11月19日接受公审。

     2006年6月30日，萨达姆被交由伊拉克司法部门羁押，但仍由美军负责看守。他将以反人类罪的罪名受到指控。

     巴格达时间2006年12月30日早晨6时（北京时间11时）左右在伊司法部的一栋建筑内被处以绞刑。

     萨达姆·侯赛因-审判 萨达姆·侯赛因接受审判接受审判的萨达姆2004年6月30日，美军向伊拉克临时政府移交了萨达姆·侯赛因和前政权的11名高官的司法羈押权（包括司法管辖权），但仍由美军负责看守，并宣布，萨达姆·侯赛因不再是战俘的身份，同一天伊拉克临时政府司法部门正式宣布逮捕萨萨达姆·侯赛因。 

     7月1日，伊临时政府特别法庭（the Iraqi Special Tribunal，伊拉克管理委员会根据《伊拉克特别法庭规约》而成立的一个司法机构，其合法性已由生效的伊拉克临时宪法进行确认）上进行了萨达姆的第一次聆讯（听证），法官对其宣读了控告书，萨达姆·海珊拒绝承认有罪并拒绝在法庭文件上签字。萨达姆·海珊的辩护律师并未出席第一次聆讯，萨达姆·侯赛因的第一任妻子随后僱用了一个国际律师团为萨达姆辩护。随后法庭的现场录像向公众公布，这是萨达姆·侯赛因自被捕以来，第一次出现在公众面前。

     伊拉克特别法庭指控萨达姆的罪行包括：

     1982年下令处决140多名杜贾尔村人，拷打併监禁一千多人，报复其对自己刺杀未遂的行动。

     1987-1988年间下令实施安法尔（Anfal，意为战利品）行动，在伊拉克北部对库尔德人进行种族灭绝计划，有证人披露，仅1987至1988年间就有50万库尔德人或被迫害至死，或被当场处决。

     1988年，使用化学武器袭击库尔德人城镇哈莱卜杰，造成大约5000名库尔德人死亡，1万人受伤。

     1990年入侵并佔领科威特7个月。

     1991年，在伊拉克南部镇压什叶派穆斯林起义。

     从1991年起推行所谓“阿拉伯化计划”，没收库尔德人之土地并剥夺其粮食，将数千名库尔德人从伊拉克北部驱逐到伊朗。

     1983年下令杀害库尔德民主党领导人巴尔扎尼所在部族8000人。 

     在1991年镇压什叶派起义后，下令在伊南部湿地修堤筑坝，破坏伊拉克南部湿地。

     被控炮轰伊拉克东北部城市、石油重镇基尔库克。

     在1974年处决5名什叶派宗教人物。

      下令暗杀反政府政治活动人士。 

     迫害宗教团体。

     迫害非宗教团体。

     迫害和镇压政治团体。