在拥有共同语言、共同文化的基础上，回族的经堂教育兴起。这对回族和中国伊斯兰教的发展起到了不可替代的，甚至是关乎民族兴亡、教门盛衰的巨大作用。因为要在大分散和与汉族杂居的现状中保存自己独特的文化不被同化（或融合人其关键是要建立起一支自己的教育体系。而经堂教育恰恰在这时自然而然地兴起，其创始人为十六世纪陕西咸阳的胡登洲，他早年研习儒学，后又朝觐麦加，成为了经汉兼通的伊斯兰教学者。虽然经堂教育起源于阿拉伯，但经堂教育在中国的兴起却是回族社会发展的必然，应当充分肯定，经堂教育体系的建立，对回族和中国伊斯兰教的发展起到了不可估量的作用，并一直沿续至今，久经不衰。诚然，古老的经堂教育还需注入新时代新鲜的血液，这也符合经堂教育的最初传统，所以笔者认为，经堂教育体系在中国穆斯林世界的前景是如何发展的问题，而不是其他。

　　由于时代是回族发展、壮大、定型的时代，所以这一时期仍有大量的非回族人士融人回族。一是归附回回，包括原籍为阿拉伯、波斯、西域突厥诸种和东南亚回回，其中包括少量维吾尔族，比如英宗就曾先后迁移肃州“归属回回，实为维吾尔人）702人于浙江。而且今天在河南、湖南等许多地方都有当年的维吾尔人后裔，有的成了回族，二是寄住回回，是指侨居的外国穆斯林，他们往往以“贡使’”形式进入中国，使团成员多达数百，有的贡事完毕返归本国，有的则侨居或定居中国，比如永乐间苏禄东王病逝山东德州，其子守坟，成为德州北营回民的先祖。三是还有许多因婚姻原因而成为回族的汉族人；这时的开封犹太人也因不食猪肉与回族习俗相似已有一部分开始融人回族。与元代相比，明代回族人已没有了优待身份，兴盛发达时期已过，明朝廷对回族的政策是高压，比如朱元漳曾禁止蒙古色目人更易姓氏，限制回族人本族通婚，采取强迫同化政策（当然从某方面讲也扩大了回族人口的数量）。但是明代也是与回族人关系比较密切的朝代。这不仅仅因为回族民间有“十回保一朱”的传说，认为明朝江山是回回打下来的，而且有朱元漳御制至圣百字赞”流传下来，再加上明皇室确有修建清真寺和保护清真寺宗教职业人员的谕旨，另外，武宗还禁止百姓养猪，并在评论诸教时也说过：“儒者之学，虽可以开物成务，而不足以穷神知化。佛老之学，似类穷神知化，而不能复命皈真。盖诸教之道皆各执一偏，惟清真认主之教深原子正理，此所以垂教万世，与天壤久也”以天方至圣实录》卷二十二人对伊斯兰教评价颇高。再依据其他许多史料，有的中外学者甚至认为朱元璋本人就是回族，明王室信仰伊斯兰教。笔者认为，说朱元漳是回族，明王室信仰伊斯兰教似乎很难站住脚，但说朱元璋和明王室与回族关系密切却是可以使人相信的。因为学术界比较一致的看法是朱元璋的马皇后本人就是回族，而武宗也曾纳回回女为妃，在回人遍天下的时代，回族人在皇宫内院的估计也不会只有一、两人，因而皇室家族个别人是否会在某些方面保留一些回族习俗甚至信仰伊斯兰教似乎也是完全可能的，这也可以回答明史上的许多史料疑点，同时也从一个侧面说明了伊斯兰教和回族人在明代社会，尤其是明皇室中确有较大影响。

　　在明代，许多杰出的回族人物脱颖而出。开国功臣有胡大海、冯国用、冯胜、常遇春、沐英、蓝玉、丁德兴等人，并出现了回族历史上第一个反侵略的英雄麻英，他曾在日本人侵朝鲜时赴朝作战，西北战场上则有抗击蒙古的达云等戌边名将。有明一代，最知名的当推著名的航海家郑和，刚直不阿的著名政治家、清官海瑞、反封建礼教的著名思想家、文学家李费，都以其杰出的成就显示了明代回族文化人的档次和水平。回族官员除海瑞以外，还有任兵部尚书和吏部尚书的马文升和清官孙继鲁。文化名人还有丁鹤年、马自强、金大车、金大舆、马继龙、闪继迪、马上捷、马锦等。值得一提的是，回族杰出的伊斯兰学者在这时涌现。除了经堂教育创始人胡登洲外，还有以汉文译著闻名于世的王岱舆、张中、伍遵契等人，他们的众多著作对中国穆斯林社会的影响十分深远。在科技方面，回国历仍然是明代主要历法，与大统历参用，陈友、赵荣先后主持过京城一些建筑项目，回回炮则演变成“金眼回回”，并被封为“大将军”号。

　　由于明代的阶级压迫和民族压迫，早在明代初年，在肃州就出现过回族反抗明王朝的起义，正德年间，陕西回族曾举行过三次反抗斗争，嘉靖年间，甘肃会宁回族也给明政府以打击。尤其是明朝末年陕北绥德回族马守应，和张献忠、李自成举起义旗，成为李自成起义军“革左五营”主力之一，被李自成授予“永辅营英武将军”的称号，是明末全国农民大起义中杰出的回族将领，表现了回族人民不屈的性格。