到了清代，回族社会政治地位降到了历史上的最低时期。这一时期回族的发展呈现出清末以前的进一步巩固、发展和清代末年大面积损失的局面。在明代的基础上，回族人民在全国各地扎根、分布（清代进人西藏），其中尤以西北陕甘宁青和云南、山东、河南、安徽等地回族人口最为稠密。清代的回族经济与明代一样，具有以农业为主，兼营牧业、手工业和商业的特点。回族农业已十分成熟，农业人口占回族总人口的绝大多数，而且农耕方式与周围汉族相差无几。牧业以饲养牛羊为主，手工业以屠宰、制革、农产品加工、刺乡等为主，一些地方的回族还开发矿藏，发展矿业。商业作为回族的传统经济部门，这时也得到进一步发展，回族商人的足迹遍及乡村和城市，内地和边疆，并产生了一些著名的回族商业集团，开辟了许多新的长途交通线（包括“西南丝绸之路”）。其经营的范围也十分广泛，一应俱全，以皮毛业规模最大，最具特色，出现了许多皮毛集散地。在政治舞台上，虽然回回官员也不乏其人，但就其职位和影响而言，在回族史上，已有每况愈下之势，其中以抗击侵朝日军而战死朝鲜的爱国将领左宝贵最为著名；在鸦片战争中，有抗击英国侵略军的“定海三总兵”之一郑国鸿和被誉为“奇男”的其子郑鼎臣；在八国联军人侵中国时，有抗击侵略军的总兵马福禄。文化上，汉文译著活动还在继续延深，经堂教育在全国普及，并出现了陕西、山东、云南三大学派，对伊斯兰教的传播和回族教育起到了积极作用，一批著名的回族学者以他们大量的著作对后世的中国穆斯林社会产生了巨大影响，如马注、刘智、马德新、马联元等人。另外，库不忍耶（一说产生于明初）、嘎德忍耶、虎夫耶、哲赫忍耶四大门宦及其支派相继正式产生并在西北获得广泛传播，一批宗教领袖应运而生。这一时期，虽然回族社会的发展受到严重阻碍，但是还是产生了一批优秀的科学家、作家、诗人、学者，如丁拱辰、蒲松龄、马世俊、丁澎、孙鹏、蒋湘南、改菇等大量的回族文化名人。

   有清一代，特别是清朝中后期以来，清政府已日益腐败，强制推行民族压迫和宗教歧视政策，在政治、经济、法律、官吏任用和各方面都对回族进行残酷的民族压迫和无理歧视。如法律规定，回民犯法处罚较其他民族为重。在犯法回民头上刺以“回贼”字样，以示侮辱。官方文件中屡将回族之回加上反犬旁，以示回族“不伴于人类”。清朝地方官吏对回族人民横征暴敛外，还常常挑起回族内部各教派之间、回汉之间相互的争斗，以图达到以汉压回、以回治国的险恶目的，有的地方（如云南、陕西）官吏甚至亲自布置和参加屠杀回民的活动，使回族人民最起码的生存权利受到极大威胁，因而必然遭到回族人民的强烈反抗。这其中，未刺印、了国栋的甘州起义是反清运动的开始，苏四十三的循化起义和田五的石峰堡起义是反清运动的继续，还有贵州张凌翔、马河图、四川蓝朝鼎、蓝朝柱等人的起义。在太平天国革命影响下，杜文秀的云南起义和白彦虎等人的陕甘西北起义影响最为深远，对清朝的打击最为沉重，同时对回族社会的损失也 最为巨大，举世罕见。从这里我们不难窥见回族人民刚直不阿，视死如归的性格和以左宗棠、岑硫英为首的反动刽子手们灭绝人性地进行倾族大屠杀的 丑恶罪行。

　　云南是回族较集中的地区。回族人民为云南的开发自元代以来便作出了杰出的贡献。但道光之后，欺凌、侮辱国民事件时时发生，而清政府往往处理不公，造成回汉仇杀。醒悟过来的回汉人民终于举起了义旗，把反抗矛头对准清政府，于是由杜文秀领导的以回族人民为主，联合汉、彝、白、傣、纳西、景颇、傈僳等族 人民的武装起义终于于咸丰初年爆发，建立了大理政权，废除了清朝年号，制定了“遥奉太平天国南京号召，革命满清”和“联合回汉一体，竖立义旗，驱逐鞑虏，恢复中华，剪除贪污，出民水火”的革命纲领，规定了各民族之间一律平等的原 则，并设文武职官，各司其职，采取了一系列发展经济的措施，为安定社会秩序， 协调民族关系作出了可贵的贡献，并形成了波及全省的回族及各族人民反清运动，给清王朝在云南的反动统治以极其沉重的打击。后来在清军优势兵力和洋枪洋炮的进攻以及策反起义将领的阴谋下，轰轰烈烈的云南回民起义坚持了整整18年之后被反动统治者残酷地镇压了下去。清政府灭绝人性的本质在镇压回民的起义中也暴露无遗，比如清军夺取大理后，仍对大理城内及近郊起义军进行了血腥大屠杀，仅此一次回民被杀者就达10万余众，然后再把死者的耳朵和手剁下，装上几十大筐，送到昆明去夸功。所以有人估计，这次长期战斗死人总数在500万以上（据白寿彝先生文章，笔者估计这个数字也包括非回族死亡人数）。起义失败后，回族大量的财产被充公或被军官们占为己有，大量的人民流离失所，云南回族遭到了空前浩劫。许多回族的土地房屋被视为“逆产”，全被抄没，大都无立锥之地。一些回族子遗便纷纷逃出省外，有的还逃到傣族、彝族、白族地区定居，从而形成了今天的维回、彝回、白回；有的回族还逃到境外，其后裔至今还生活在东南亚各地。回族人民杰出的起义领袖和民族英雄杜文秀以其建立大理政权的丰功伟绩而被各族人民颂扬。