清真寺是穆斯林主要的宗教活动场所，一般由礼拜大殿、传授宗教知识的经堂和沐浴室三部分组成。礼拜大殿是清真寺的主体建筑。乌鲁木齐历史上的清真寺，多采用中国古老宫殿的建筑形式，殿脊隆起，飞檐四出，雄伟古朴，庄严肃穆。现在新建的清真寺形式多样，既有古典建筑和现代建筑，也有阿拉伯风格建筑。大殿地面多为木板地，铺有一排一排的拜毡或拜毯。现在，条件较好的还设有扩音设备。

　　乌鲁木齐的回族主要是格底目教派（即老教）。门宦中虎夫耶居多，习惯上称为大坊，其次是哲赫林耶，又称为小坊。在哲赫林耶中又分为大爷派和二爷派两支。还有少部分是尕的林耶。此外依合瓦尼派（即新兴教）在乌鲁木齐部分回族中也有影响。1945年，乌鲁木齐23访回族清真寺一致公举马良骏阿訇为新疆回族总教长，在陕西大寺设经堂讲学，全市23坊的阿訇每日都前来听讲。

　　回族清真寺的内部组织结构前后有所变化，自清乾隆年间至杨增新、金树仁时期，清真寺设社首1人（总管寺坊的一切事务），乡老3至5人（分管财务、杂务）。到1933 年，在新疆回教文化促进会的指导下，把原有组织形式改为理事会，社首更名为理事长，乡老更名为理事，组成理事会管理寺内事务。寺坊内设掌教阿訇1人，负责主持传教、祈祷、礼拜和培养接班人等事宜，在宗教职权上高于任何人，甚至社首（理事老）、乡老（理事）都必须服从其绝对领导；而在行政方面，掌教阿訇则须受社首 （理事长）的监督节制。掌教阿訇均由社首、乡老先征求寺坊群众的意见，然后再搬请。历史上规模较大的清真寺都设有开学阿訇、二阿訇和学董乡老等，分管教务和事务，各司其责。现在多为阿訇1人、满拉若干、寺师傅1人（看管和打扫寺院）驻寺。清真寺日常管理工作，则由教众推选本坊德高望重人士组成的管委会负责。阿訇一般都实行选聘制，3年一任，也可连任。职责是率领教众礼拜、宣讲教义、教授满拉、主持穆斯林婚丧等各种宗教仪式。

　　解放前乌鲁木齐市区内有23座回族清真寺，通常称为23坊，现将23坊清真寺分别简介如下：

　　陕西大寺 位于和平南路永和正巷北侧，寺址占地面积约5 186平方米，建筑面积约610平方米。寺院正面是大殿，大殿系砖木结构，座西向东，高达10余米。前殿使用面积为250平方米，可容纳600余人礼拜。大殿建筑样式颇似中国古代宫殿，前部为单檐歇山式，飞檐鲁脊，雕梁画栋，屋顶镶有绿色琉璃瓦，周围走廊有36根红圆木支柱，规模宏敞壮观。大殿后部为上八下四的重檐式八角亭，檐牙起伏，颇为精巧。殿内四壁和门窗的装饰，刻工精美，砖雕木刻均采用花卉、瓜果为图案，既严格遵循不使用偶像和动物纹饰的伊斯兰教义，又保持了中国古代传统木结构的建筑风格。由于这座建筑物融合了民族文化的建筑精华，被列为自治区级重点文物保护单位。陕西大寺是乌鲁木齐规模最大的回族清真寺，属格底国教派。该寺建于清乾隆年间，距今已有200多年历史。1906年由陕西移居新疆的回民捐资重建，故名陕西大寺。1956年至1957年，人民政府拨款进行了维修，1984年又拨款数十万元，再次进行了彻底翻修复原。现任该寺的阿訇是马安泰阿吉，现年61岁，新疆哈密人。

　　南大寺位于解放南路二道桥，占地面积3164平方米，建筑面积约464平方米。该寺建于1919年，系砖木结构。主要建筑礼拜殿，平面呈凸字形。屋顶前部檐作歇山式，盖琉璃瓦。檐脊上安置了二龙戏珠等瓦饰，檐下五层画板绘有卷草花卉等彩色图案。脊檀雕有23个飞龙。殿内后部砌砖墙，前部装木格门，格心花纹精致。木格门前为一宽敞步廓，正门上方书有“明德日新”4个金色大字，垂有4条伊斯兰教圣训。步廓两侧看墙刻有兰、梅、竹、荷四画及道德经。大殿分内外两殿。外殿深15米、宽22米，内殿深、宽各15米。殿内可容700人礼拜。寺院大门为伊斯兰式建筑，高15米，门的上端刻有“南大寺”字样。大门过道上层建有唤礼亭，顶端有月牙形图案。该寺是新疆哲赫林耶首坊。大寺地处闹市，中外旅游人士经常到此参观礼拜。现任该寺的阿旬是雷发喜阿吉。现年65岁，新疆米泉人。