16世纪初葡萄牙殖民者的舰队控制了东非沿海的索法拉、基尔瓦、蒙巴萨、马林迪、拉木、布拉瓦、莫桑比克等地。他们在这里实行残酷的统治。这里的穆斯林与非穆斯林一道，共同对殖民者进行了坚决的抵抗。1652年，阿曼穆斯林应蒙巴萨人的请求出兵消灭葡萄牙在桑给巴尔的船只，又率舰队开进东非。至1696年，阿曼穆斯林攻下蒙巴萨，1699年又把葡萄牙人赶出基尔瓦和奔巴。葡萄牙人在东非的统治从此结束。

    19世纪后半叶，东非逐步沦为英法等列强的殖民地。东非沿岸各国的独立则是现代史上的重要事件。

    伊斯兰教在西非的传播与穆斯林的商业活动密不可分。早在7世纪，倭马亚时代的凯鲁万总督阿卜杜·拉赫曼就在马格里布沙漠的奥达果斯特城与绿洲之间挖掘许多水井，这使商队得以沿大西洋沿岸和沙漠之路到达西非。正是穆斯林商人开通了撒哈拉商道，深人到非洲内地。开辟撒哈拉商道是一项极其艰苦的开拓性工作，穆斯林商人冒着沙漠中白天的酷热、黑夜的寒冷，牵着骆驼，千里迢迢，往返奔波，还要时时提防强盗的掠劫。穆斯林商人将北部的纺织品、首饰、盐等主要产品与南部的黄金、木材、皮革等产品进行交换。通过不断的商业往来，穆斯林与当地居民之间有了思想交流和感情沟通，有的穆斯林甚至与当地女子结婚生子，落地生根。随之，清真寺建起，宗教教育展开，伊斯兰教传播。

    10世纪末11世纪初，伊斯兰教在加纳迅速传播，建立加纳穆斯林国家。约11世纪末，加纳南方的马林凯族穆斯林建立了一个新的国家——马里国家。马里国逐渐强大，统一了西起大西洋沿岸的塞内加尔，东至尼日尔河中游的加奥的广袤地区。在这个时期，马里穆斯林开垦了土地，培植了棉花，发展了农业。同时开辟了通过撒哈拉到达北非的新商路，马里国境内兴起了两个大城市廷布克图和泽内，并在这两个城市兴建了多座清真寺。这样，到了14世纪初国王曼萨·穆萨在位时期(1307～1332年)，马里成了西非最强大最富有的国家，因而有人也称其为马里帝国。马里国家重视伊斯兰教教育，曾向埃及派遣学生，开罗的爱资哈尔有专门的讲堂供马里学生学习宗教知识；马里也请埃及学者讲学。两地间的学术文化交往不断。马里国家的宗教气氛很浓厚，对此，中世纪穆斯林旅行家伊本·拔图塔根据他的所见所闻作了详尽的报道，他说：“素丹按时做礼拜，时时坚持集体举行……如系聚礼日，如不早早到来，会挤得无处容身。”（参见马金鹏：《伊本·拔图塔游记》宁夏人民出版社，1985年版，第600～608页）

    15世纪中叶，在马里的东方，又兴起了一个新的伊斯兰国家——桑海国。桑海国的中心是尼日尔河中游的加奥城。15、16世纪，桑海在其国王松尼·阿里和阿斯基亚·穆罕默德一世执政期间，国家的疆域向东一直拓展到豪萨诸城地区，超过了马里。在政治、经济和军事方面都有较大建树。在政治方面，他将全国划分成许多行政区，建立起一套比较完善的税收制度，在军事方面，他建立了一支常备军来代替加纳、马里国家实行的战时征集制度。在经济方面，他统一了度量衡，并开采了特卡扎盐矿，并注意改良农业。

    桑海国家重视发展伊斯兰教，许多从北非、西亚来的穆斯林科学家、医生和建筑学家都为它服务。大学里除了讲授《古兰经》外，还专门研究法律、文学、历史、天文和数学等科学。廷布克图成为当时非洲内陆伊斯兰文化中心。

    欧洲殖民者从15世纪就开始侵犯非洲，1415年葡萄牙霸占北非的休达后，沿西岸南下，在几内亚、刚果、安哥拉的沿海建立殖民据点。17世纪初，荷、英、法步葡萄牙人后尘相继侵入非洲。荷兰殖民者占领西非的黄金海岸——加纳。16世纪，黄金是殖民者掠夺的主要对象；到17、18世纪，万恶的奴隶贸易占第一位。

    19世纪，西非各国相继成为法国、英国等国的殖民地。