目前印尼最大的两个伊斯兰组织是伊斯兰教师联合会和穆罕默德传教教会，其他的组织包括印尼伊斯兰联盟和伊斯兰真谛协会等。现任总统瓦希德就是伊斯兰教师联合会的主席。印尼是“伊斯兰会议组织”、“世界伊斯兰大会”和“伊斯兰世界联盟”的成员国。印度尼西亚全国各岛屿有清真寺和大小礼拜堂约36万座，仅雅加达就有清真寺1000多座，礼拜堂4000多座，并拥有东南亚地区最大的清真寺——国家独立清真寺，可容纳10万人礼拜。 马来西亚：伊斯兰教党是马来西亚最大的伊斯兰政党，即通常所称的“回教党”。它是1971年从马来民族统一机构（巫统）中脱离出来而成立的，曾称泛马伊斯兰教党，目前拥有党员约30万，是马来西亚最大的反对党。该党主要力量在北马各州，现在吉兰丹和丁加奴州执政，在吉打州也拥有超过半数的国会议席。马来西亚是“伊斯兰会议组织”、“世界伊斯兰大会”和“伊斯兰世界联盟”的成员国，“国际伊斯兰新闻社”设在吉隆坡。马来西亚的清真寺数千座，并拥有著名的马来西亚国家清真寺和马来西亚国际伊斯兰大学。 菲律宾：最著名的伊斯兰政治组织是摩洛民族解放阵线，成立于1972年，主要在菲南部从事武装独立运动，1996年已经与拉莫斯政府达成和平协议。目前菲最大的穆斯林武装组织是摩洛伊斯兰解放阵线（1998年时拥有成员约1.2万人），它是1978年从前一组织中分裂出来，主张在棉兰老建立一个独立、严格的伊斯兰教国家，1998年底与政府达成和平协议，但协议没有得到真正实施。

　　菲律宾正式的伊斯兰政党包括穆斯林联邦党和菲律宾穆斯林团结党等，其他伊斯兰组织有穆斯林协会（马尼拉）、伊斯兰教协会（马拉威）、伊斯兰皈依者协会（马尼拉）和穆斯林联盟等，它们与世界伊斯兰大会、伊斯兰世界联盟有联系。菲律宾有200-300座清真寺，1000多所经文学校。 新加坡：主要伊斯兰组织包括穆斯林传教协会和伊斯兰理事会，与伊斯兰世界联盟和世界伊斯兰大会有联系。新加坡约有100座清真寺，30所伊斯兰学校。 泰国：泰国约有清真寺3000多座，200多所伊斯兰学校。 柬埔寨：主要伊斯兰组织是中央伊斯兰教协会（1970年）和穆斯林青年协会（1970年）。柬埔寨的清真寺自70年代后穆斯林大量的外迁以来，清真寺数量大为减少，目前尚存数十座。 缅甸：主要组织有缅甸穆斯林联合大会、全缅穆斯林学生联合会、缅甸穆斯林大会和若开穆斯林联合会等，与伊斯兰世界联盟有联系。有2500多座清真寺。