距离耶路撒冷最近的机场是阿塔洛特(Atarot)机场。它在2001年由于在拉马拉和西岸的冲突而关闭，已经交由以色列国防军控制。目前该地区的空中运输依靠本·古里安国际机场，它同时服务耶路撒冷和特拉维夫的民众。以色列仅有2个国际机场，其中本·古里安国际机场是以色列最繁忙的机场，每年运送乘客900万人。 国内城市之间的交通主要依靠铁路，到2010年，以色列铁路系统将年运送4000万乘客。耶路撒冷火车总站发送耶路撒冷的大部分城际列车，是一个铁路终点站。虽然耶路撒冷火车总站也发出城际汽车线路，但是耶路撒冷中央巴士总站才是主要的汽车始发站，由世界第二大公交公司艾格德巴士公司(Egged Bus)经营。预计2011年完成，从特拉维夫到耶路撒冷的高速铁路线也将以耶路撒冷中央巴士总站为终点。(稍后改到火车总站)。

贝京高速公路是耶路撒冷主要的南北方向干道之一；穿过城市西部，然后并入通往特拉维夫的以色列443号公路。以色列60号公路穿过市中心的绿线附近，将东耶路撒冷与西耶路撒冷分开。以色列正建造一条35千米长的环城公路，希望通过将郊区与中央商务区连接起来，使这一地区更加富裕。工程的东半部规划于10年以前，但对此提议的反应仍然是见仁见智。到目前为止，市内交通除了私人汽车，只能选择出租车和公共汽车线路。不过，情况很快将发生变化：目前正在建造一个新的铁路快速运输系统。该系统最初在1995年提出，此后，由于造价低廉、破坏较少、以及要保护市中心的审美价值，选择了轻轨作为快速交通方式。8条线路中的第一条，耶路撒冷轻轨，估计每天能运送20万人，拥有24个车站，预计在2009年1月完成。